1923, 15 февраля. — Родилась в г. Мерве (Закаспийская область, ныне г. Мары в Туркмении). Отец – Левон Саркисович Кочарян (Кочаров). Мать – Руфь Григорьевна Боннэр (1900–1987). Отчим, заменивший отца, – Геворк Саркисович Алиханов (1897–1938).

1923–1926. — Переезд семьи в Москву, затем в Читу. Ссылка Г. Алиханова в Читу за разногласия с председателем Исполкома Коминтерна Г.В. Зиновьевым. Переезд в Ленинград с бабушкой – Татьяной Матвеевной Боннэр (1879–1942).

1927–1928. — Рождение брата Игоря (1927). Отъезд родителей в Москву на Курсы марксизма. Жизнь семьи в общежитии Курсов.

1929–1930. — Жизнь с бабушкой в Ленинграде. Поступление в школу (1930).

1931–1937, лето. — Возвращение в Москву. Работа отца заведующим отделом кадров Коминтерна, матери – в Институте Маркса–Энгельса–Ленина, затем в Московском комитете партии. Увлечение чтением. Учеба в московской школе. Дружба с Севой Багрицким. Окончание 5-го класса экстерном. Поездка в Артек (1936). Сдача экзаменов за семилетку (1937).

1937, 26 мая. — Арест отца. Обыск в квартире (26–27 мая). Обвинение в контрреволюционной и шпионской деятельности по ст. 58 п.п. 1-а-17-8 и 11 УК РСФСР. Приговор закрытого судебного заседания выездной сессии Военной Коллегии Верховного Суда СССР от 13 февраля 1938: высшая мера наказания – расстрел с конфискацией имущества. Приговор постановлением ЦИК СССР от 1 декабря 1934 в исполнение приводится немедленно. (Г.С. Алиханов реабилитирован посмертно в 1954).

1937, конец июля. — Известие об аресте матери Севы Багрицкого (июль) – Лидии Густавовны Багрицкой (урожденной Суок). Переезд с братом Игорем к бабушке в Ленинград (август). Увольнение с работы брата матери Матвея Григорьевича Боннэра за то, что он взял к себе детей изменника Родины, затем арест (29 октября). Обвинение в контрреволюционной и шпионской деятельности. Постановлением НКВД СССР расстрелян 20 декабря (на 10 дней раньше вынесения приговора – 31 декабря). [М.Г. Боннэр реабилитирован посмертно в 1957.] Высылка Калерии Степановны Скурлатовой, жены М.Г. Боннэра, в Среднюю Азию. Ночные допросы Елены Боннэр в ленинградском Большом Доме НКВД.

1937. — Арест матери (9 декабря). Постановление Особого Совещания при НКВД СССР: заключение на 8 лет в исправтрудлагерь как "члена семьи изменника Родины". [Р.Г. Боннэр реабилитована в 1954; пенсионер союзного значения.]

1937–1940. — Продолжение обучения в ленинградской школе. Работа уборщицей, архивариусом на заводе им. Э. Тельмана. Поездки в Москву  для передач родителям (в Бутырскую, Лефортовскую, Лубянскую тюрьмы). Вступление в ВЛКСМ (1938). Отказ в приеме передач для отца (март 1938). Первое письмо от матери из Акмолинского лагеря "жен изменников Родины" (1939). Попытка исключения из комсомола. Окончание средней школы (1940). Поступление на вечернее отделение факультета русского языка и литературы Ленинградского педагогического института им. А.И. Герцена и работа пионервожатой в школе.

1941. — Начало Великой Отечественной войны. Добровольный уход в армию; окончание курсов медсестер РОКК (Российского отделения Красного Креста). Участие в боях в составе пехоты. Первое тяжелое ранение и контузия на Волховском фронте (26 октября) . Лечение в госпиталях в Вологде и Свердловске. Направление медсестрой на военно-санитарный поезд № 122 (декабрь).

1942–1945. — Назначение старшей медсестрой ВСП № 122 и присвоение звания младшего лейтенанта мед. службы (1942) . Известия о гибели Севы Багрицкого (26 февраля 1942) и смерти бабушки (30 мая 1942). Поиски брата Игоря, эвакуированного со школьным интернатом, забота о его судьбе. Присвоение звания лейтенанта медицинской службы (1945). Комсорг все годы службы на ВСП № 122. Направление в распоряжение Беломорского военного округа на должность заместителя начальника мед. части отдельного саперного батальона (май 1945). Демобилизация (август 1945) с инвалидностью второй группы по зрению (почти полная потеря зрения правого глаза и прогрессирующая слепота левого глаза как следствие контузии). Награждена орденом Отечественной войны II степени.

1945, август – 1946. — Поездка в Казахстан на свидание с матерью в лагере (август 1945). Возвращение матери из заключения (февраль 1946). Два года упорной борьбы за сохранение зрения. [В 1970 Е.Г. Боннэр признана Московским ВТЭК инвалидом ВОВ второй группы пожизненно.]

1947–1953. — Учеба в Первом Ленинградском медицинском институте. Профорг курса. Известие о готовящемся вторичном аресте матери (1950).

Замужество (муж – Иван Васильевич Семенов) и рождение дочери Татьяны (1950).

1953–1972. — Работа участковым врачом, врачом-педиатром родильного дома. Рождение сына Алексея (1956). Командировка в Ирак от Минздрава СССР (1962). Преподаватель, заведующая практикой и учебной частью медицинского училища в Москве. Получение звания "Отличник здравоохранения СССР". Решение после ХХ  и ХХII съездов КПСС вступить в партию. Развод с мужем (1965). Совмещение работы по специальности с литературным сотрудничеством в журналах «Нева», «Юность», в газете «Медицинский работник»,  «Литературной газете», с написанием текстов для Всесоюзного радио. Участие в сборнике "Актеры, погибшие на фронтах Отечественной войны", одна из составителей книги Всеволода Багрицкого «Дневники, письма, стихи». Внештатный консультант в литконсультации СП, редактор в ленинградском отделении Медгиза. Выход на пенсию (1972).

С 1960-х гг. — Правозащитная деятельность. Знакомство с А.Д. Сахаровым в Калуге во время суда над Р.И. Пименовым и Б.Л. Вайлем (1970).

1972, 7 января. — Брак с Андреем Дмитриевичем Сахаровым. Выход из КПСС в связи со своими убеждениями.

1974. — Учредитель Фонда помощи детям политзаключенных в СССР.

1975. — Поездка в Италию для лечения глаз (август). Представление А.Д. Сахарова (в связи с отказом ему в выезде в Осло) на церемонии вручения Нобелевской премии (10 декабря), выступление с Нобелевской лкцией А.Д. Сахарова.

1977. — Вынужденная эмиграция детей и внуков Е.Г. Боннэр в США.

1980–1984, апрель. — Высылка А.Д. Сахарова без суда в закрытый город Горький. Отъезд вместе с мужем в Горький. Поездка матери в США (1980, май). Совместная с А.Д. Сахаровым борьба за выезд из СССР Лизы Алексеевой (будущей жены Алексея – сына Е.Г. Боннэр ), включая голодовку (22 ноября – 8 декабря 1981). Подача заявления в ОВИР о поездке к детям и лечении в США (25 сентября 1982). Первый инфаркт (25 апреля 1983). Получение отказа на просьбу о совместной с А.Д. Сахаровым госпитализации в клинику АН СССР. Регулярные поездки в Москву (более ста до мая 1984) для сохранения связи  А.Д. Сахарова с друзьями и международной общественностью. Санкционированная КГБ и особенно массированная травля после публикации на Западе вывезенной из Горького статьи А.Д. Сахарова «Опасность термоядерной войны» (с лета 1983). Подача искового заявления в московский суд о защите чести и достоинства против Н.Н. Яковлева и журнала "Смена". Отказ суда в принятии дела к рассмотрению. Борьба А.Д. Сахарова (письма, открытые обращения) за поездку жены за рубеж для лечения и встречи с детьми.

1984. — Задержание в аэропорту Горького, предъявление обвинения по статье 190-1 УК РСФСР, первый допрос, объявление А.Д. Сахаровым голодовки (2 мая).  Насильственная госпитализация и полная изоляция Сахарова (с 7 мая ). Суд по делу Е.Г. Боннэр (9–10 августа). Приговор Горьковского областного суда: 5 лет ссылки в г. Горьком. [Е.Г. Боннэр не признала себя виновной.] Кассационное заседание Верховного суда РСФСР в Горьком. (7 сентября). Освобождение А.Д. Сахарова из больницы (9 сентября).

1985. — Продолжение борьбы А.Д. Сахарова за поездку жены за рубеж для лечения: отправка надзорной жалобы, письмо президенту АН СССР. Подача прошения о помиловании (12 февраля). Возобновление голодовок А.Д. Сахаровым, насильственная его госпитализация (16 апреля–12 июля; 25 июля– 23 декабря). Выезд Е.Г. Боннэр в Москву (22 ноября), затем в Италию, США (декабрь).

1986. — Лечение в Ньютоне: операции на открытом сердце – шестеричное шунтирование  сердечных сосудов (12 января), затем ангиопластики.

Работа над книгой "Постскриптум" о горьковской ссылке. Выступление на чествовании академика А.Д. Сахарова в комиссии по иностранным делам Конгресса США (21 мая). Возвращение в Горький (июнь). Специальная постановка телефона для звонка М.С. Горбачева с разрешением вернуться "к патриотическим делам" (15 декабря). Возвращение Е.Г. Боннэр и А.Д. Сахарова в Москву (23 декабря).

1987–1989. — Возвращение матери из США (июнь 1987) и ее смерть (24 декабря 1987). Работа над книгой воспоминаний «Дочки-матери». Участие в создании общественного объединения «Мемориал», клуба «Московская трибуна». Поездки вместе с А.Д. Сахаровым во Францию (декабрь 1988), Канаду, Грузию, Голландию, Великобританию, Норвегию, Швейцарию, Италию, Армению, Японию (1989). Смерть А.Д. Сахарова (14 декабря 1989). 

 С 1990. — Сохранение наследия академика Сахарова. Председатель неправительственной международной организации «Общественная комиссия по увековечению памяти Сахарова – Фонд Андрея Сахарова» (1990). Инициатор создания в Москве Архива Сахарова (1994) и Музея и общественного центра им. А.Д. Сахарова (1996). Публицистическая деятельность.

Член Комиссии по правам человека при Президенте России (1994). Член Совета директоров международной Лиги прав человека при ООН. Член Инициативной группы «Общее действие» (с 1997). Почетный доктор права 11 зарубежных университетов. Лауреат многих премий, почетных званий и наград международных общественных  организаций (Италии, Франции, Норвегии, США и др.) и одной российской награды  – «За свободу Прессы» – от Международного Пресс-Центра и Клуба "Москва" (1993).

Автор книг «Звонит колокол. Год без Андрея Сахарова» (1991), «Вольные заметки к родословной Андрея Сахарова» (1996).

2006. — Составитель собрания сочинения А.Д. Сахарова, включающих  в том числе его дневники.

2011, 18 июня. — Скончалась  в городе Бостон (США). Похоронена на Востряковском кладбище рядом с мужем — А. Д. Сахаровым.