1898. — Родился в Симферополе.

1915–1922. — Учеба в психоневрологическом институте в Петрограде, Крымском и 2-м МГУ.

? — Работа во 2-м Московском медицинском институте ассистентом, доцентом, профессором кафедры патологической анатомии. Женитьба.

1940. — Рождение дочери Наташи.

1942. — Служба в Красной Армии Главным патологоанатомом Карельского фронта.

1945, весна. — Демобилизация из армии. Участие в создании Института нормальной и патологической морфологии АМН СССР. Работа в Институте.

1947. — Работа консультантом в Институте им. Тарасевича.

1950–1951, зима. — Вызов в МГБ для предложения сотрудничества.

1951, весна. — Подписание документа об отказе в сотрудничестве с органами МГБ.

1951, лето. — Работа заведующим лабораторией в Контрольном институте им. Тарасевича (ныне НИИ стандартизации и контроля медицинских биологических препаратов им. Л.А. Тарасевича).

1953, 13 января. — Правительственное сообщение о «заговоре медиков-террористов и аресте врачей-убийц».

1953, 3 февраля. — Арест. Обыск. Лубянская, затем Лефортовская тюрьма. Одиночная камера. Допросы. Пытки. Следователь Роман Евгеньевич Одленицкий. Предъявление обвинения в участии в террористической еврейской организации «врачей-убийц».

1953, 5 марта. — Смерть Сталина. Улучшение условий содержания. Изменение хода и содержания допросов. Доставка в Лубянскую тюрьму на допрос к генералу. Коренной перелом в ходе следствия. Прекращение допросов. Выдача книг.

1953, 21 марта. — Доставка в Лубянскую тюрьму на беседу с членами правительственной комиссии. Полковник Козлов. Обсуждение «еврейского вопроса», методов ведения следствия. Дача письменных показаний с реабилитирующими сведениями о ряде лиц, осужденных по «делу врачей-вредителей».

1953, 3 апреля. — Вызов в Лубянскую тюрьму для беседы с генералом. Выдача справки о прекращении дела и освобождении из-под стражи с полной реабилитацией. Предупредительность и подчеркнутое внимание со стороны сотрудников МГБ. Освобождение. Правительственное сообщение о прекращении «дела врачей». Возвращение Я.Л. Рапопорта в Институт. Негласная инструкция РК КПСС о недопустимости теплой встречи Я.Л. Рапопорта на работе после освобождения. Восстановление в партии. Сопротивление партийной организации реабилитации Я.Л. Рапопорта.

1958–1978. — Работа в Институте сердечно-сосудистой хирургии АМН СССР.

1970. — Присвоение звания заслуженного деятеля науки РСФСР.

Написание воспоминаний.

1996, 17 марта. — Cкончался Я.Л. Рапопорт.